S myšlenkou založit v Sušici muzeum seznámil čtenáře prvního čísla místního časopisu "Posel ze Sušice" roku 1879 ve svém článku "Dbejme památek otců svých" sušický učitel Josef Holík. Zároveň se snažil pro tuto myšlenku získat tehdejší radní města. Přímou výzvu k založení muzea uveřejnil J.Holík v Poslu ze Sušice 25. ledna 1880. Jeho přáním bylo vytvořit muzeum pro region větší části Šumavy a Pošumaví, protože jiné muzeum v této oblasti tehdy ještě nebylo. Nově vzniklý ústav se měl jmenovat Šumavské muzeum v Sušici. Jako okamžitá reakce na tuto výzvu začaly docházet četné dary z okolí i ze vzdálených míst a tak se městská rada již 1. dubna 1880 rozhodla zřídit muzeum a pro tento účel uvolnila v budově radnice jednu místnost. O dva roky později získalo muzeum lépe vyhovující místnosti po občanské záložně a protože sbírkových předmětů rychle přibývalo, bylo na Holíkovu žádost dokoupeno další zařízení potřebné pro jejich uložení. Slibný rozvoj muzea byl však narušen Holíkovým onemocněním a smrtí roku 1893. Jeho nástupce , odborný učitel Jan Taul se sice snažil v této práci pokračovat, ale narozdíl od Holíka nenašel u tehdejších představitelů města pochopení. Například v době, kdy se konaly po celých Čechách krajinské hospodářské výstavy, kdy byla přímo masově zakládána regionální muzea a kdy se i samo sušické muzeum účastnilo bohatou kolekcí exponátů na národopisné výstavě v Praze, chtěla roku 1896 sušická městská rada pronajmout dosavadní muzejní místnosti bernímu úřadu a sbírky umístit do obecní šupárny, " žumpy to pro tento účel naprosto nevhodné ! ". Jen díky ráznému protestu a finanční podpoře městské spořitelny k tomu nedošlo. Muzeum se sice nakonec přestěhovalo, ale nové prostory v jiném patře radnice umožnily nakonec sbírky znovu slušně uspořádat do nových vitrín odkoupených po národopisné výstavě. Po rezignaci Jana Taula v roce 1904 se novým správcem muzea se stal Vojtěch Maštovský. Přestože neměl dostatek potřebných odborných znalostí, muzeum se pod jeho vedením slibně rozvíjelo. Od roku 1909 vedl muzeum prof. Karel Kramář a od roku 1912 Kajetán Turek.S jeho příchodem do muzea začíná nová dlouhá etapa jeho rozkvětu . Sbírky znovu uspořádal, vyvinul nátlak na městskou radu, která se zavázala, že bude muzeu pravidelně finančně přispívat. Přišel také s myšlenkou, že muzeum by mělo mít vlastní budovu. Již od roku 1923 se uvažovalo o vystavění nového děkanství a jeho dosavadní sídlo - renesanční budova na náměstí - měla být věnována právě muzeu. K realizaci této myšlenky však nedošlo. Ředitelství městské spořitelny, která byla nejštědřejším sponzorem, muzea přišlo s jiným návrhem . V souvislosti se stavbou nové budovy spořitelny na náměstí měla být v jejím sousedství postavena nová moderní budova muzea. Byl dokonce vypracován i projekt. Bohužel i tato naděje byla překažena a objekt obsadila živnostenská a kupecká škola. Muzeum, jehož sbírky se rozšířily především o jedinečný nález cínového nádobí a sbírku skla z annínské sklárny, se muselo spokojit jen s přidělením dalších místností na radnici. Naštěstí definitivní vyřešení situace na sebe nenechal dlouho čekat. Již deset let starý návrh umístit sbírky do bývalého děkanství byl konečně schválen a od roku 1933 začaly rozsáhlé adaptace domu na náměstí.V roce 1934 se muzeum konečně nastěhovalo do vlastní budovy. Kajetán Turek věnoval pozornost především městským vrstvám, řemeslům, cechovním památkám, průmyslu, místním spolkům, daleko méně životu venkovského lidu, ačkoliv roku 1931 bylo k muzeu přičleněno rok před tím založené okresní zemědělské muzeum, které však nevyvinulo příliš intenzívní sběratelskou činnost. Turek připojil k muzeu i městský archiv, z něhož vytěžil řadu materiálu pro své články a studie. Soustřeďoval také nejrůznější archiválie spolků a pozůstalosti jednotlivců, založil důkladnou fotografickou dokumentaci, začal pravidelně vydávat výroční zprávy s bibliografií regionální literatury a různé muzejní publikace. Inventarizace mohla rychle pokračovat i proto, že muzeu byla přidělena administrativní síla. Okupace poznamenala činnost muzea negativně. Roku 1942 Kajetán Turek umírá a muzea se na přechodnou dobu ujímá jeho syn Luboš. Muzeum bylo pro veřejnost v podstatě uzavřeno, neodborné pokusy o novou instalaci a později snahy o zabezpečení sbírek před bombardováním přinesly jen chaos. Ani po osvobození činnost muzea neožila . Vedení bylo svěřeno prof. Antonínu Janákovi, který byl již před válkou jmenován městským archivářem a napsal několik cenných článků z historie Sušicka. Pro řadu dalších zájmů se však Janák nemohl muzeu dostatečně věnovat a chaos spíše narůstal. Do neuspořádaného muzea se sbírkami částečně volně uloženými se začaly soustřeďovat nejrůznější předměty z konfiskátů, na něž se zde konaly dražby. V archivu se kupily bedny německých knih, v nichž se přebírali různí zájemci. A tak když v roce 1949 začal v muzeu neoficiálně pracovat Vladimír Holý, skýtal vnitřek krásné budovy žalostný obraz. Mezi vitrínami se kupily hromady muzejního materiálu spolu se zbytky konfiskátů, které nikdo nekoupil nebo neodnesl. Pracovníci muzea od roku 1951 pod vedením Rudolfa Kůse společně se žáky sušického gymnázia vyčistili muzeum od předmětů, které do sbírek nepatřily. Od roku 1951 se také začalo pracovat na nové instalaci expozice podle libreta Vladimíra Holého. Na jejím vybudování se podíleli odborníci z Národního muzea ve složení dr. H. Johnová, dr. Kybalová z národopisného oddělení, dr. P. Radoměrský - numismatik a dr. Břeň archeolog. Otevřena a zpřístupněna veřejnosti byla 7. října 1956. V roce 1959 byla zahájena celková rekonstrukce zadního traktu muzea.
Rok 1960 přinesl velké změny reorganizací územních celků a zřízením nových okresů. Historický okres Sušice byl po téměř sto letech zrušen a začleněn do okresu Klatovy. Tato změna a následně i celostátní integrace muzeí ovlivnila i činnost Okresního vlastivědného muzea horního Pootaví v Sušici. V roce 1967 se tak sloučila původně městská muzea v Sušici, Kašperských Horách a Železné Rudě do jednoho celku se jménem Muzeum Šumavy, jehož ředitelství zůstalo nadále v Sušici.
Sušické muzeum seznamuje své návštěvníky především s historií sirkařské výroby a s dějinami sklářství na Šumavě. Ojedinělý je vystavený soubor více než osmdesáti kusů nejrůznějšího cínového nádobí, pocházejícího z přelomu 16. a 17. století z rodiny sušického měšťana Adama Čecha a také sbírka skla, kterou muzeu daroval v roce 2005 švýcarský občan Bruno Schreiber. Velkým magnetem od roku 2004 je pro návštěvníky unikátní sušický mechanický betlém, v němž je téměř 150 pohyblivých a stejné množství nepohyblivých figurek a objektů.
O založení Vlastivědného muzea Šumavy v Kašperských Horách v roce 1924 se zasloužilo především německé etnikum. Sbírky byly nainstalovány v prostorách bývalé dřevařské školy na okraji města a veřejnosti zpřístupněny v roce 1928. Od počátku muzeum zápasilo s finančními i prostorovými potížemi. Po roce 1948 bylo muzeum, jehož sbírky se slibně rozrůstaly, přestěhováno do budovy bývalé německé měšťanské školy na náměstí. Pěkná a vyhovující budova však nebyla muzeu souzena na dlouho. Padla do očí zástupcům nově se tvořící Pohraniční stráže a sbírky musely být během devíti dnů vystěhovány do prázdných učeben a na půdu. Zánik muzea se zdál být neodvratný a pouze neúnavnost a vytrvalost příznivců muzea vedla ke změně situace. Po dlouhých jednáních se podařilo získat příslib, že pro muzejní účely bude opraven dvouposchoďový dům na náměstí ( dnešní sídlo muzea). Jeho havarijní stav naštěstí vedení muzea neodradil a tak se díky dobrovolníkům a hlavně finanční podpoře získané zásluhou tehdejšího předsedy vlády Antonína Zápotockého podařilo budovu částečně zrekonstruovat a v roce 1953 zahájit omezený provoz. Postupně se muzeum podařilo zrekonstruovat do dnešní podoby. V kašperskohorském muzeu je jediná přírodovědná expozice na okrese Klatovy, která seznamuje s florou a faunou Šumavy. Velkým magnetem pro návštěvníky je především rozsáhlá expozice věnovaná šumavskému sklářství, památky na zlatorudné hornictví, ukázky šumavských lidových betlémů a celá řada dalších exponátů přibližujících život v tomto kraji.
Heimatmuseum (Vlastenecké muzeum ) v Železné Rudě bylo zřízeno 1. května 1936 a jeho historie začíná v domě čp. 39 v tehdejší Defferniker Str. (Debrnická ul.) ve starém hostinci. O sbírky se dlouhou dobu pečlivě starala slečna učitelka Tatzlová, která byla i při přemisťování sbírek do tzv. "vily Abelů" ve které sídlí muzeum dodnes.Vilu vystavěl v r. 1877 Christof Abele. Dalšími významnými členy slavné sklářské rodiny byly například Ferdinand Abele - vrchní inženýr námořního dělostřelectva. Po odchodu na odpočinek se aktivně zapojil do veřejného života v Železné Rudě ( starosta Žel.Rudy, čestný občan, člen komitétu organizujícího velice úspěšnou kuturně historickou výstavu , atd.). Jeho syn Rudolf byl fregatním kapitánem a obdobně jako jeho otec se po ukončení své služby v námořnictvu exponoval ve veřejném železnorudském životě.Oba dva ze svých cest přivezli a shromáždili spoustu zajímavých předmětů, které jsou uloženy mezi muzejními sbírkami. Po odchodu Rudolfa k jeho sestře do Mnichova v roce 1946 se z rodinné vily stalo muzeum. Stejně jako v předešlých muzeích i zde tvoří základ expozice šumavské sklářství, tentokrát věnované sklářské rodině Abelů. Zajímavá je také historie hamernictví a ukázky lidového malovaného nábytku.